Pierwszy marszałek Małopolski został pochowany w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Żegnała go najbliższa rodzina, tłumy przyjaciół, znajomych, współpracowników.

W uroczystościach wziął udział minister skarbu państwa Aleksander Grad, prezydenci Krakowa, Poznania i Katowic, marszałek Wielkopolski, wojewoda małopolski, posłowie, senatorowie oraz cały Zarząd Województwa Małopolskiego. Licznie stawili się też przedstawiciele małopolskich samorządów. Ceremonii pogrzebowej przewodniczył kardynał Franciszek Macharski.

- Byłeś dla wielu z nas mentorem, kolegą i szefem. Dla wszystkich marszałkiem Małopolski - mówił podczas pogrzebu marszałek Marek Sowa. - Śladów dobra, zwłaszcza w przestrzeni publicznej, które będą przypominały nam wszystkim Marka Nawarę jest w Małopolsce bardzo wiele. Spoczywaj w pokoju Panie Marszałku - dodał Marek Sowa.

By oddać hołd marszałkowi Nawarze wieniec przysłał prezydent RP Bronisław Komorowski. Marszałka żegnano przy dźwiękach hejnału mariackiego i góralskiej kapeli. W momencie gdy chowano trumnę do grobu rozległa się salwa honorowa. Przed pogrzebem odprawiono mszę żałobną w Bazylice Mariackiej, którą poprowadził biskup Tadeusz Pieronek.

10 czerwca podczas święta Małopolski Marek Nawara zostanie pośmiertnie odznaczony Złotym Medalem za Zasługi dla Województwa Małopolskiego.