Fundusz Spójności, inaczej nazywany Funduszem Kohezji lub Europejskim Funduszem Kohezji, to czasowe wsparcie finansowe dla krajów Unii Europejskiej, których Produkt Krajowy Brutto (PKB) na mieszkańca nie przekracza 90 % średniej PKB dla wszystkich państw członkowskich. Głównym celem strategii środowiskowej. Funduszu Spójności jest wsparcie dla realizacji zadań inwestycyjnych władz publicznych w zakresie ochrony środowiska, wynikających z wdrażania prawa Unii Europejskiej. Od roku może z nich korzystać Polska.

Fundusz Spójności różni się od funduszy strukturalnych krajowym, a nie regionalnym, zasięgiem pomocy oraz innymi kompetencjami i zasadami w zakresie podejmowania decyzji o przyznaniu dofinansowania. Te należą do Komisji Europejskiej, a nie państw członkowskich. Państwa, poprzez komitety sterujące, wskazują tylko propozycje do dofinansowania.

Wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej są Instytucjami Pośredniczącymi III szczebla funkcjonującymi na podstawie "Porozumienia w sprawie przygotowania przedsięwzięć w sektorze ochrony środowiska planowanych do dofinansowania z Funduszu Spójności", zawartego z NFOŚiGW. Wojewódzkie fundusze odpowiadają za udostępnianie wniosków wstępnych potencjalnym beneficjentom w wersji papierowej i elektronicznej na stronach internetowych. Ponadto każdy WFOŚiGW zbiera wnioski oraz dokonuje formalnej i wstępnej merytorycznej, oceny projektów. Po dokonaniu oceny wszystkich zebranych wniosków, fundusz przygotowuje wojewódzką listę potencjalnych przedsięwzięć do dofinansowania z Funduszu Spójności, którą przekazuje do Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. WFOŚiGW prowadzi bieżący monitoring projektów skierowanych do NFOŚGW oraz uczestniczy w ocenie Studiów Wykonalności i Wniosków do momentu decyzji KE o udzieleniu pomocy.

Zgodnie z obowiązującymi w zakresie polityki strukturalnej zasadami współfinansowania, pomoc z Funduszu Spójności na określony projekt będzie wynosić maksymalnie od 80% do 85% kosztów kwalifikowanych.. Pozostałe co najmniej 15% musi zostać zapewnione przez beneficjenta. Środki te mogą pochodzić np. z: budżetu gminy, środków własnych przedsiębiorstw komunalnych, ( z możliwością skorzystania ze środków: NFOŚIGW lub WFOŚiGW [dotacji, kredytów], budżetu państwa, innych niezależnych źródeł [np. z Europejskiego Banku Inwestycyjnego, Europejskiego Banku Odbudowy i Rozwoju lub innych banków]).

Priorytety jakie będą realizowane przy wsparciu z Funduszu Spójności w ochronie środowiska to:
• poprawa jakości wód powierzchniowych,
• polepszenie jakości i dystrybucji wody przeznaczonej do spożycia,
• poprawa jakości powietrza,
• racjonalizacja gospodarki odpadami,
• ochrona powierzchni ziemi,
• zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego.

Odbiorcami pomocy tj. beneficjentami końcowymi Funduszu Spójności w sektorze ochrony środowiska mogą być:
• Jednostka Samorządu Terytorialnego (JST),
• Związek Gmin, któremu gminy przekazały obowiązki własne związane z wykonywaniem zadań własnych, o których mowa w Art. 7 Ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym w zakresie działalności objętej wnioskiem do Funduszu Spójności,
• przedsiębiorstwo zorganizowane w postaci spółki prawa handlowego, w którym JST mają 100% udziałów,
• zakład budżetowy prowadzony przez JST,
• przedsiębiorstwo zorganizowane w postac i spółki prawa handlowego, z udziałem kapitału prywatnego, z zastrzeżeniem konieczności rozpatrzenia takiego przypadku pod kątem występowania pomocy publicznej i ewentualnie notyfikacji tej pomocy przez Komisję Europejską.

Spośród przyjętych wstępnych wniosków (KPP) z Małopolski, 8 zostało zakwalifikowanych przez Ministra Środowiska do przygotowania podstawowego wniosku do Komisji Europejskiej. W roku 2004 Zarząd WFOSiGW w Krakowie przyjął i przekazał do NFOŚiGW 4 wnioski wraz z pełnym Studium Wykonalności, które zostały skierowane do KE.
Projekty
• "Gospodarka wodno-ściekowa aglomeracji wadowickiej",
• "Dostawa wody (transport i magazynowanie) wraz z budową kanalizacji miejskiej oraz rozbudową Oczyszczalni Ścieków dla Chrzanowa, Libiąża, Trzebini" zostały zakwalifikowane przez KE
Projekty
• "Kompleks Infrastrukturalny dla miasta Bochni i subregionu bocheńskiego"
• "Modernizacja systemu ciepłowniczego miasta Krakowa" oczekują na decyzję KE

Kolejne dwa przedsięwzięcia, dla których przygotowano Studium Wykonalności i Wnioski, aktualnie są przedmiotem oceny przez WFOŚiGW w Krakowie i NFOŚiGW:
• "Zintegrowany system zaopatrzenia w wodę i odprowadzenia ścieków w mieście Niepołomice i wschodniej części gminy Niepołomice" - po analizie, beneficjent podjął prace nad jego poprawieniem i uzupełnieniem.
• "Rozbudowa i modernizacja infrastruktury kanalizacyjnej Miasta Krakowa"

Dla pozostałych dwóch projektów prowadzone są prace nad korektą przygotowanego Studium Wykonalności i przygotowaniem Studium Wykonalności:
• "Kompleksowy program utrzymania w czystości wód zlewni rzeki Raby od źródeł do zapory w Dobczycach" - wstępnie przyjęty, ale przesłany beneficjentowi do ponownej analizy zakresu rzeczowego i korekty Studium Wykonalności
• "Porządkowanie gospodarki ściekowej w zlewni Białej Przemszy na terenach gmin: Olkusz, Bukowno, Bolesław, Klucze" - złożono wniosek na pomoc techniczną na przygotowanie Studium Wykonalności.

Trzy projekty przedsięwzięć znajdują się na tzw. "rezerwowej liście" Komitetu Sterującego przy Ministrze Środowiska:
• "Modernizacja i rozbudowa systemu gospodarki wodno - ściekowej Miasta Nowego Sącza z przyległymi terenami gmin sąsiednich" - skorygowano zakres planowanego przedsięwzięcia i przygotowano Studium Wykonalności.
• "Uporządkowanie gospodarki wodno-ściekowej na terenie Gminy Miasta Zakopane" - zmieniono zakres i tytuł przedsięwzięcia, przygotowano wstępne Studium Wykonalności, uzyskano zapewnienie pomocy technicznej na przygotowanie pełnego Studium Wykonalności,
• Dla przedsięwzięcia "Budowa Zakładu Termicznej Utylizacji Odpadów w Krakowie" oczekuje się na ostateczną decyzję Gminy Miejskiej Kraków.

Dla 6 kolejnych projektów, znajdujących się na liście wojewódzkiej przedsięwzięć do Funduszu Spójności, a zgłoszonych w roku 2004, uzyskano zapewnienie pomocy technicznej na przygotowanie wstępnych Studiów Wykonalności - podjęto w tym celu niezbędne przygotowania.