Ochrona środowiska przed odpadami jest szczególnie istotna, ponieważ stanowią one źródło zanieczyszczenia wszystkich elementów środowiska, a zagrożenia z ich strony występują praktycznie we wszystkich fazach gospodarowania nimi. Niebagatelny jest zwłaszcza wpływ na ochronę powierzchni ziemi, przejawiający się wzrastającą zajętością terenów, słabą rekultywacją gruntów, nieprawidłową eksploatacją składowisk i coraz liczniejszymi dzikimi wysypiskami. Wszystkie te zjawiska prowadzą do degradacji gleb i zanieczyszczania wód podziemnych. Odbijają się negatywnie na walorach estetycznych i krajobrazowych oraz atrakcyjności gruntów.

By gospodarka odpadami była sprawna i odpowiadała wymogom ekologicznym UE, powinna być prowadzona w sposób kompleksowy, a system powinien obejmować kilka elementów, poczynając od prewencji i recyklingu a kończąc na składowaniu odpadów. System gospodarki odpadami wymaga też działań organizacyjnych i inwestycyjnych. WFOŚiGW w Krakowie w ocenie wniosków dotyczących gospodarki odpadami i ochrony powierzchni ziemi, przyznawał priorytet inwestycjom, które zmierzały do uporządkowania gospodarki odpadami tak, aby przyczyniały się do tworzenia:
• sprawnego systemu odbioru, przetwarzania i składowania odpadów,
• minimalizacji wytwarzania odpadów
• zwiększenia stopnia powtórnego wykorzystania i bezpiecznego składowania odpadów.

Według ostatnich danych statystycznych, woj. małopolskie wytwarza rocznie ok. 10 mln. ton odpadów, z czego od 600-700 tys. ton pochodzi z działalności bytowo-gospodarczej ludności. Dla ich przejmowania funkcjonują 42 kontrolowane składowiska odpadów komunalnych. Część z nich wymaga rozbudowy i modernizacji, polegającej na zwiększaniu pojemności, budowie kompostowni i instalacji unieszkodliwiania, wykorzystaniu biogazów i propagowaniu selektywnej zbiórki odpadów. Dotyczy to zwłaszcza składowisk obsługujących duże miasta. W przypadku małych składowisk powinno się dążyć do ich sukcesywnego zamykania. Pozyskane grunty podlegałyby rekultywacji.

Do Funduszu wpływały różne wnioski. Na przestrzeni ostatnich 3 lat największe projekty wpłynęły z Nowego Targu, Szczucina, Andrychowa, Nowego Sącza i Tarnowa.

Najpoważniejszą inwestycją jest budowa zakładu utylizacji odpadów komunalnych dla Podhalańskiego Związku Gmin w Nowym Targu, na którą w 2003 r. WFOŚiGW udzielił pożyczki w wysokości 3,2 mln. zł. W tym samym roku Fundusz przyznał gminie uzdrowiskowej Muszyna dotację w wysokości 943,6 tys. zł na budowę składowiska odpadów komunalnych o pojemności 20,7 tys. m3 w Andrzejówce. Fundusz udzielił też pomocy finansowej na modernizację systemu spalania odpadów w SP ZOZ w Nowym Sączu (dotacja w wysokości 902,3 tys. zł) oraz likwidację składowisk przeterminowanych środków ochrony roślin (7 mogilników i 17 magazynów) na terenie województwa małopolskiego - dotacja w wysokości 1,4 mln. zł.

W 2003 r. WFOŚiGW zawarł też dwie umowy na poważne inwestycje związane z ochroną powierzchni ziemi. Pierwsza z nich to realizowany przez Związek Gmin Jeziora Rożnowskiego kompleksowy program przedsięwzięć dla powstrzymania degradacji Zespołu Zbiorników Wodnych Rożnów - Czchów. Fundusz udzielił związkowi dotację w wysokości 965 tys. zł. na dwa zadania dotyczące kontynuacji rekultywacji lewego brzegu Jeziora Rożnowskiego w miejscowościach: Wytrzyszczka i Tęgoborze. Efektem ekologicznym realizacji tych zadań będzie znaczna poprawa jakości wód w zakresie wskaźników biogennych w strefie przybrzeżnej jeziora, na łącznej długości 350 mb, w pasie o szerokości ok. 30 m. Druga to zadanie Małopolskiej Izby Rolniczej w Krakowie - wapnowanie gleb zdegradowanych w wyniku powodzi, jaka nawiedziła województwo małopolskie w lipcu i sierpniu 2001 roku. Pomoc finansowa w formie dotacji wyniosła tu 162 tys. zł.

Rok 2002 obfitował w duże projekty. Na zabezpieczenie odpadów azbestowych w gminie Szczucin Fundusz udzielił pożyczki w wysokości 2.075.208 zł. Całkowita powierzchnia zrekultywowanego obszaru wyniesie 40,3 tys. m2. Gmina Szczucin otrzymała też (w 2004 r.) pożyczkę na likwidację zagrożeń środowiska naturalnego azbestem w Woli Szczucińskiej na drodze nr 91. Pożyczka wyniosła 574,9 zł. Na usunięcie 76 ton odpadów azbestowych z terenu miasta pożyczkę otrzymał też Tarnów (54,3 tys. zł). Fundusz udzielił też pomocy na rekultywację wysypiska śmieci w Mszanie Dolnej o powierzchni 7,3 tys. m2 (dotacja w wysokości 770, 4 tys. zł.), rekultywację techniczną II i III sektora składowiska odpadów komunalnych przy ul. Cmentarnej w Tarnowie o powierzchni 35,2 tys. m2 - pożyczka w wysokości 1,1 mln. zł oraz budowę drugiej niecki składowiska odpadów komunalnych w Nowym Sączu Zabełczu o pojemności 179,1 tys. m3 - pożyczka w wysokości 1,4 mln. zł.

W 2004 r. WFOŚiGW w Krakowie wsparł m.in. budowę kwatery D-1/3 składowiska osadów ściekowych jako I etap modernizacji sektora D-1 dla Jednostki Ratownictwa Chemicznego sp. z o.o. Tarnów - pożyczka w wysokości 1, 8 mln. zł oraz uporządkowanie gospodarki odpadami na składowisku odpadów w Andrychowie - pożyczka w wysokości 2,5 mln. zł.