Polska zaliczana jest do krajów o ubogich zasobach wodnych, a podstawowe znaczenie dla zaopatrzenia w wodę mają zasoby wód powierzchniowych. Wody podziemne, tam gdzie są wykorzystywane - przeznaczane są przede wszystkim na zaopatrzenie ludności w dobrej jakości wodę pitną. Dlatego racjonalizacja ich zużycia oraz likwidacja zanieczyszczeń wód to największe priorytety polityki ekologicznej państwa, w tym również województwa małopolskiego.

Do 1998 r. przeciętny pobór wody na obszarze obecnego woj. małopolskiego wynosił ok. 725 hm3 rocznie, a ilość ścieków odprowadzanych ścieków wymagających oczyszczania kształtował się na poziomie 366 hm3, z czego za pośrednictwem miejskich sieci kanalizacyjnych 117 hm3. Jednak aż prawie 30 proc. nie było w ogóle oczyszczanych, co pod tym względem stawiało Małopolskie w piątce najgorszych województw. I to pomimo zakrojonych na szeroką skalę inwestycji kanalizacyjnych, budowy oczyszczalni ścieków i stacji uzdatniania wód.

Głównym składnikiem tych zanieczyszczeń były ścieki z miejskich i wiejskich systemów kanalizacyjnych, odprowadzające mieszaninę ścieków z gospodarstw domowych i zakładów przemysłowych podłączonych do kanalizacji miejskich. Problemem były również zanieczyszczenia obszarowe: spływy z terenów rolniczych, leśnych, nieużytków i innych terenów nieskanalizowanych, dopływy wód pochodzących z miejsc nieprawidłowego składowania odpadów, odprowadzania do rzek nieoczyszczonych ścieków deszczowych z terenów zakładów, ciągów komunikacyjnych i z terenów miast oraz napływu zanieczyszczeń spoza województwa (np. Wisła i Poprad).

Dla Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej oraz funduszy wojewódzkich uregulowanie tych kwestii stało się sprawą zasadniczą. Potencjalnym beneficjentom Fundusz zaproponował dotacje oraz pożyczki na budowę kanalizacji sanitarnej oraz oczyszczalni ścieków. Samorządy mogły liczyć na pomoc techniczną i doradztwo przy sporządzaniu wniosków. Dzięki tym działaniom udało się osiągnąć znaczący efekt ekologiczny.

Ze 143 oczyszczalni komunalnych w 1998 r. ilość ta wzrosła do 221 (dane na koniec 2003 r.), z czego większość to oczyszczalnie biologiczne. Technologia ta polega na rozkładzie zanieczyszczeń przez mikroorganizmy występujące w tzw. osadach czynnych (bakterie, pierwotniaki, wrotki i nicienie) lub błonach biologicznych (organizmy osiadłe na złożu biologicznym). Jej zastosowanie pozwala zredukować - rozpuszczone lub znajdujące się w postaci bardzo drobnej zawiesiny - substancje organiczne, takie jak: tłuszcze, białka i węglowodany, stanowiące podstawę ścieków socjalno-bytowych.

Największą inwestycją tego typu w ostatnich latach jest oczyszczalnia Kujawy w Krakowie, której środki z WFOŚiGW pozwalają redukować 366 t ładunku BZT5 rocznie. Wśród ważniejszych inwestycji znajdują się również oczyszczalnie w Mszanie Dolnej (2002 i 2003 r., przepustowość 2,1 tys. m3 na dobę, redukcja 109 t ładunku rocznie), Niepołomicach (rozbudowa w 2003 r., przepustowość 2,1 tys. m3/d, redukcja 230 t BZT5/r), Piekarach (rozbudowa w 2003 r. - przepustowość 875 m3 i redukcja 92 t BZT5/r), Podrzeczu (2003 r., 554 m3/d, 70 t BZT5/r) i Piwnicznej-Borownicach (2002 r., 495 m3/d, 67 t BZT5/r). Warto wymienić również gminę Zabierzów, która w 2003 r. otrzymała wsparcie na budowę dwóch oczyszczalni jednocześnie (Niegoszowice i Balice), o łącznej przepustowości 1,1 tys. m3/d oraz redukcji 69 t BZT5/r. Duży efekt ekologiczny przynoszą również mniejsze oczyszczalnie, budowane przez gminy wiejskie lub miejsko-wiejskie (m.in. gminy Bochnia, Bolesław, Dobra, Radgoszcz, Karwin, Pierzchów, Biertowice). WFOŚiGW przeznaczał pomoc nie tylko dla samorządów, ale i przedsiębiorstw. Tu największą inwestycją była budowa podczyszczalni ścieków w Zakładach Mięsnych KRAKMEAT w 2002 r. (przepustowość 366 m3/d, BZT5 307 t/r).

Wsparcie inwestycji kanalizacyjnych ze środków Funduszu spowodowało, że udało się zatrzymać nadmierną negatywną dysproporcję w stosunku do długości sieci wodociągowej. Rosnąca przez lata ilość przyłączy wodociągowych, poprawiająca wprawdzie warunki sanitarne gospodarstw rolnych, sprzyjała powstawaniu na dużo większą skalę ścieków bytowych i z hodowli zwierząt. Brak kanalizacji, kanalizacji, w połączeniu z niską kulturą ekologiczną, sprzyjał wzrostowi zjawiska odprowadzania tych ścieków do rzek, potoków i rowów melioracyjnych. Dziś na każdy kilometr budowanego wodociągu przypadają dwa kilometry kanalizacji.

W ciągu ostatnich lat największymi inwestycjami kanalizacyjnymi mogła się poszczycić gmina Krzeszowice, której przyznanie środków w latach 2002-2004 pozwoli na wybudowanie ok. 26 km bieżących sieci i 124 tys. m3/r ścieków odprowadzanych do oczyszczalni. W 2002 r. wsparcie otrzymały też m.in. gm. Brzesko (14 km sieci, 56,6 tys. m3/r ścieków), Kamienica (13 km sieci, 49,7 tys. m3/r ścieków), Andrychów (9,7 km sieci, 49,5 tys. m3/r ścieków) i Sucha Beskidzka (5,3 km sieci, 35,4 tys. m3/r ścieków). W następnym roku czołową inwestycją, na którą podpisano umowę, była kanalizacja Szczucina. Gmina zaplanowała budowę ok. 11 km sieci, którą do oczyszczalni spływać będzie 78,6 tys. m3 ścieków rocznie. Inne duże inwestycje z tego okresu to kanalizacje w gminach Skrzyszów (9,4 km, 50,1 tys. m3/r ścieków), Jerzmanowice-Przeginia (7,5 km, 49,9 tys. m3/r ścieków) i Dąbrowa Tarnowska (5,3 km, 43 tys. m3/r ścieków). Najmłodsze inwestycje to kanalizacja Kęt (10,6 km, 54 tys. m3/r ścieków), gmin Stryszawa (9 km, 35,1 tys. m3/r ścieków) i Lisia Góra (10,1 km, 30,3 tys. m3/r ścieków) oraz miasta Tarnowa (9,2 km, 26,2 tys. m3/r ścieków).