Województwo Małopolskie usytuowane jest w prawobrzeżnym dorzeczu górnej Wisły, które należy do obszarów najbardziej zagrożonych powodziami. Podczas ostatnich powodzi (1997, 2001 i 2002 r) największe zagrożenie stanowiły Wisła, Dunajec z Popradem i Białą, Raba, Uszwica, Skawa, Soła i Ropa. Wylewały też mniejsze dopływy i potoki, które spowodowały wiele katastrofalnych powodzi na skalę lokalną.

Podstawowym problemem dla ochrony przeciwpowodziowej w Małopolsce był brak systemów wczesnego ostrzegania oraz niski stan odpowiedniej infrastruktury technicznej, głównie wałów, kanałów ulgi, zbiorników retencyjnych oraz polderów. Doświadczenia wykazały, że w wielu miejscach obwałowania są nieszczelne bądź wymagają podwyższenia. Wspieranie tych przedsięwzięć stało się dla Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie sprawą priorytetową.

Największą inwestycją w tym obszarze, na którą w 2002 r. WFOŚiGW udzielił dotacji w wysokości prawie 5,3 mln. zł, jest podwyższenie obwałowań i bulwarów wiślanych w Krakowie, na odcinku od stopnia Dąbie do stopnia Kościuszko. Ważną inwestycją jest również przebudowa 4700 mb wałów na rzece Przemszy w Gorzowie. W latach 2001-2002 na ten cel Fundusz przyznał dwie dotacje na łączną kwotę 3,3 mln. zł.

Oprócz wymienionych inwestycji Fundusz wsparł także w 2002 r. modernizację lewego wału Wisły w Nowej Hucie oraz prace modernizacyjne na Rabie - kwota łączna za cały rok to 9.624.171 zł. W roku następnym dotowano z kolei przebudowę prawego wału Małej Wisły w Broszkowicach - Harmęże, remont prawego wału Wisły wraz z wałem cofkowym potoku Spytkowickiego oraz likwidację filtracji w podłożu wału Małej Wisły w Brzeszczach. Wsparto również dwa programy badawcze dotyczące: stanu technicznego wałów przeciwpowodziowych oraz racjonalnego gospodarowania zasobami wodnymi w woj. małopolskim. Łączna kwota dotacji w 2003 r. wyniosła 4.869.799,50 zł. W 2004 r., dzięki środkom finansowym Funduszu, Małopolski Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych w Krakowie, przystąpił do podwyższania i modernizacji 3.148,90 mb. wałów rzek Wisły oraz Upust na łączną kwotę 4.866.937,40 zł.

Obszary chronione

Obszary chronione stanowią niemal 60 proc. powierzchni geograficznej województwa małopolskiego. Największy w tym udział stanowią obszary chronionego krajobrazu (672,0 tys. ha), następnie parki krajobrazowe (171,8 tys. ha), parki narodowe (38,1 tys. ha) oraz rezerwaty przyrody (3,0 tys. ha). Pozostałą część terenów prawnie chronionych stanowią użytki ekologiczne, zespoły przyrodniczo-krajobrazowe i stanowiska dokumentacyine. Warto zaznaczyć, że w ramach obszarów parków narodowych znajduje się 17,9 tys. ha terenów pod ścisłą ochroną, co stanowi aż 26,4% ogólnokrajowej powierzchni ściśle chronionej. Ponadto, według stanu na koniec 2003 r., w województwie znajduje się 1932 pomniki przyrody.

Finansowanie działań na rzecz ochrony przyrody jest ważnym elementem polityki WFOŚiGW. To temu celowi podporządkowane są wszelkie inwestycje z zakresu gospodarki wodnej, odpadowej i ochrony powietrza - by efekt ekologiczny był jak najpełniejszy, każdy projekt przedstawiany Funduszowi musi bowiem uwzględniać ten aspekt. Wiadomo jednak, że negatywne oddziaływanie na środowiska, połączone z ekspansywną działalnością człowieka (m.in. karczowanie lasów), przyczyniło się do dewastacji najbardziej wartościowych elementów krajobrazu. Przeprowadzanie konserwacji, pielęgnacja takich obszarów i obiektów, powtórne zalesianie oraz zagospodarowywanie w tym celu nieużytków, są wspierane przez Fundusz od wielu lat.

By znajdujące się na obszarze województwa rezerwaty i zabytkowe drzewostany utrzymane były w jak najlepszym stanie, Fundusz - kwotą 519 tys. zł - sfinansował w ostatnich trzech latach prace pielęgnacyjno-konserwacyjne i zakresu ochrony ich bioróżnorodności w Tarnowie, Suchej Beskidzkiej, Zawoi, Sidzinie, Skawinie, Kętach, Żębocinie, Wawrzeńczycach oraz Krakowie (2002), Krakowie, Głogoczowie, Wołowicach, Suchej Beskidzkiej, Sułkowicach, Osielcu, Dąbrowie Tarnowskiej (2003) oraz w Krakowie, Brzeźnicy, Proszowicach, Tyńcu, Wiśniowej, Łęgu Tarnowskim/Partyń i Mogilanach (2004 r.).

Na akcje zadrzewieniowe i zakrzewieniowe w latach 2002-2004 Fundusz przeznaczył 177 tys. zł. Skorzystały na tym gminy Wierzchosławice, Bukowno, Skawina, Szczucin, Kraków, Gorlice i Wietrzychowice. Na obszarze dwunastu powiatów wykorzystano w tym celu blisko 270 ha gruntów porolnych.

Oprócz stałych działań, WFOŚiGW przyznał dotacje na rekultywację i rekompozycję dawnego lotniska Rakowice-Czyżyny w Krakowie (2004 r., 100 tys. zł) oraz zwiększenie i ochronę bioróżnorodności przyrodniczej na terenie Popradzkiego Parku Krajobrazowym, nadleśnictw w Niepołomicach i Krościenku oraz w gminie Czernichów (2002 r., 39 tys. zł).